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蛋白质主要由碳、氢、氧、氮等化学元素组成,是一类重要的生物大分子。蛋白质的功能由蛋白质的三维结构决定。蛋白质三维结构绘图,可以直观地展示蛋白质三维功能结构,广泛应用于单核苷酸突变功能分析、药物蛋白分子相互作用分析等研究领域。基本原理蛋白质三维结构绘图主要分为蛋白质三维结构预测以及对结构进行可视化两步。蛋白质三维结构预测是基于蛋白质中氨基酸序列预测蛋白质折叠结构的步骤,**常用的预测方法为同源建模,同源建模的原理是序列相似的蛋白质具有相似的蛋白质结构,要推测一个未知结构蛋白的三维结构,只需要找到与之序列高度相似的已知结构模板。在无法进行同源建模(找不到模型)的情况下,还有折叠识别及从头建模法,但是计算量大运行缓慢且建模准确度不如同源建模。获得蛋白质三维结构预测的pbd文件后还需要通过分子三维结构软件绘制可视化的三维图,并分析特殊位点(分子对接或突变位点分析),常用的有pymol和DeepView等。数据要求目标蛋白的氨基酸序列或者编码蛋白的基因序列,突变数据等。下游分析突变位点靶向药物分析等。 湖北数据库建设数据科学活动采用机器学习算法对疾病的干性指数进行分型分类研究。
GSEA数据要求1、通常为表达谱芯片或测序数据(已经过预处理),也可以是其他形式可排序的基因数据。2、具有已知生物学意义(GO、Pathway、**特征基因集等)的基因集。下游分析:得到GSEA结果之后的分析有:1.基因注释:1、绘制基因集富集趋势图(Enrichmentplot)横坐标:按差异表达差异排序的基因序列。数值越小(偏向左端)的基因**在shICAM-1组中有越高倍数的差异表达,数值越小(偏向右端)的基因在对照组中有越高倍数的差异表达。纵坐标:上方的纵坐标为富集打分ES,ES是一个动态的值,沿着基因序列,找到条目中的基因则增加评分,否则减少评分。通常用偏离0**远的值作为**终富集打分。下方的纵坐标**基因表达与表型的关联,***值越大**关联越强,数值大于0**正相关,小于0则**负相关。
棒棒糖图是直观显示蛋白质结构上的突变点**简单且有效的方式。许多致*基因具有比任何其他基因座更频繁突变的优先位点。这些位点被认为是突变热点,棒棒糖图可以用于显示突变热点以及其他突变位点。并可以对比不同**/亚型的突变位点。
基本原理
将蛋白质结构根据氨基酸顺序绘制为长条形,以不同色块标注不同结构域,在基因突变导致氨基酸改变的位置标注棒棒糖,并在棒棒糖圆球标注位点的突变频数以及突变位点。
数据要求
基因突变或者蛋白质突变数据
下游分析
1、突变位点靶向药物分析
2、驱动基因突变分析 与复旦大学问附属医院合作,开发人血液外泌体中RNA的数据库。
当前位置:首页>商城导航>immunetherapy免疫***收藏|分享immunetherapy免疫***价格:¥:标准套餐高级套餐购买数量:加入购物车立即购买产品详情产品评论(0)immunetherapy免疫疗法免疫疗法是指利用人体自身免疫系统,来终止**细胞。它通过操纵免疫系统,来实现靶向**抗原或突破T细胞浸润的障碍。免疫系统是**的重要***者。很多临床数据表明,**的发生与机体免疫功能密切相关,宿主免疫功能低下或受***往往都会导致**发生率增高。**能够发生的原因之一在于**细胞的免疫逃逸和其分泌的免疫***因子,导致**微环境中的免疫细胞获得免疫***性。因此重新***免疫细胞,逆转**微环境的免疫***状态,是免疫疗法的重要目标。应用场景预测单个样本或者某亚型对免疫***的响应可能性基本原理:通过靶向***免疫检查点受体——CTLA4,PD1及其配体(PDL1,PDL2),来抵抗**微环境的免疫***作用,进而解除机体免疫***,****功能发挥抗**作用。PD-1是共刺激受体B7/CD28家族的成员。它通过与其配体programmeddeathligand1(PD-L1)和programmeddeathligand2(PD-L2)结合来调节T细胞活化。CTLA-4介导的T细胞***。 基因组数据全链条处理、蛋白组代谢组个性化分析。广东诊疗软件开发数据科学专业服务
早期肝疾病的预后基因panel研究。广东诊疗软件开发数据科学专业服务
三角坐标统计图是采用数字坐标形式来表现三项要素的数字信息图像。三角形坐标图常用百分数(%)来表示某项要素与整体的结构比例。三条边分别表示三个不同分量,三个顶点可以看作是三个原点。三角图可以展示某特定值在一个整体中不同类型的分布。在生物信息中三角图可以方便地展示3种不同疾病或者3个不同分组之间某个指标的相关性。
数据要求
多个样本的三个变量值,或者多个基因在三个不同分组中的数据值,可以是突变频率数据、基因表达数据、甲基化数据等。 广东诊疗软件开发数据科学专业服务