湖北PCR数字PCR售后服务

肺*的ALK融合基因检测：ALK融合基因是NSCLC患者另外一个常规的伴随诊断，可以指导ALK-TKI药物的使用，目前已发现20种以上EML4-ALK的融合形式，多个报道证实它们中大部分能促进**生成。另外ALK还可能与TFG、KIF5B、KLC1、PTPN3、STRN等基因发生融合，因此ALK融合突变的诊断具有一定难度。目前临床常规使用的检测手段包括免疫组化（Immunohistochemistry，IHC），荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）以及RT-PCR等三种。这三种方法各具优缺点：IHC相对简单，价格低廉，但是容易受到主观判断的影响；FISH可以检测各种融合类型，但是操作繁琐，价格昂贵；RT-PCR方法的特异性较好，结果客观，但是只能针对已知类型。近期有研究者采用数字PCR，利用ALK基因3’端的过表达来鉴定ALK的融合，该方法既具有PCR方法特异性好、结果客观的优势，同时又不受融合类型的限制，可以检测所有融合型，在与三种传统方法的对比过程中展现出了更好的临床符合率，未来有望成为一种新的常规检测手段。对干扰分子（背景信号、PCR抑制剂等）耐受度高，通过信号的“有”“无”定量而不是Ct值。湖北PCR数字PCR售后服务

甲基化分析：DNA甲基化是哺乳动物DNA的一种常见表观遗传修饰，它通过调节细胞中的基因表达从而在发育和疾病过程中发挥了重要的作用。异常的DNA甲基化涉及整个基因组的整体低甲基化和位于基因启动子区域和基因间DNA的CpG岛的局部超甲基化，这是人类恶性**中一个常见的表观遗传改变。基于PCR的方法已经被***的应用于DNA甲基化的评估，其原理是先采用亚硫酸氢盐来处理DNA，这会通过脱氨基作用将未甲基化的胞嘧啶转换为尿嘧啶，然后设计与这些DNA进行特异结合的引物和探针进行扩增检测。然而，传统的PCR检测容易受到PCR抑制剂的影响，在非甲基化等位基因的背景下进行稀有甲基化等位基因检测的敏感性有限。而数字PCR是在无数个**的分隔之中进行反应，因此彼此之间较少受到抑制剂的影响，能够对传统方法检测不到的罕见甲基化等位基因进行精细的检测，未来有望将DNA甲基化作为一个具有区域性*变的预测指标或者**风险生物标志物来使用。湖北PCR数字PCR售后服务高精确度、高灵敏度，荧光定量qPCR灵敏度为1%-0.1%，数字化PCR灵敏度可达0.01-0.001%。

传统 PCR 或定量 PCR 反应都是在96/384孔板中进行的，因此早期的数字PCR技术也采用 96 /384孔板作为反应单元。但是数字PCR技术的灵敏度取决于反应单元的总数n，因此，理论上反应单元数越多越有利于提高灵敏度和准确度，普通的96 /384孔板无法满足检测的需要。而且，在96 /384 孔板中进行的PCR反应体系通常大于5μl，由试剂消耗引起的高成本问题令人望而却步。针对上述问题， Morrison 等在25mm×75mm不锈钢芯片上刻蚀了3072个直径为300μm的微反应室(如图2a所示)，每个反应单元的体积降低至33 nl。该芯片可在商品化 PCR 仪上使用，与384 孔板的检测灵敏度相当，但反应体积降低为原来的1/64，样品通量提高了24倍。随着反应单元数目的成倍增加，反应体积从微升级降至纳升级，传统的操作人员采用移液器加试样的方式已经无法满足快速精细取样的要求，因此需要借助高通量自动点样仪或机械手等设备，这无疑大幅提高了系统的成本和操作的复杂性。

微流控芯片技术的发展为我们提供了一个实现低成本、小体积和高通量平行PCR分析的理想平台。2000年，Unger等采用多层软刻蚀 ( multilayer soft lithography，MSL) 技术在聚二甲基硅氧烷( polydimethylsiloxane，PDMS) 微流控芯片上设计并加工高密度微泵微阀结构(如图2b所示) ，他们将这种芯片称为IFC( integrated fluidic circuit)。IFC 利用PDMS材料具有高弹性的特点，通过多层软刻蚀技术在芯片上加工交织的液体和气体通道结构，可以快速并准确地将流体分成若干个**的单元，进行多步平行反应。2006 年Ottesen等将IFC芯片用于数字PCR分析，通过精细控制微泵微阀的开启和关闭，一步操作即可将一个样本平均分配到 1176个反应单元中，每个反应单元的体积只有6. 25 nl，成功代替了传统点样仪和384孔板。他们同时进行了6个样本7 056个单元的平行数字PCR分析。此外， Hansen及其同事采用 MSL技术加工了具有10^6个结构单元的数字PCR 芯片，每个反应单元的体积降低至10 pl，芯片密度达到 440000 /cm2。与微反应室数字PCR系统相比，IFC的特点是通量更高，每个反应单元的体积更小，加样更快。**近，Men等在2mm×2mm区域内加工了82000个 fl 级反应单元，进行数字PCR分析。影响引物探针特异性的因素有很多种，譬如纯化方式、设计方法以及引物探针的修饰技术等。

cdPCR主要以Fluidigm公司的BioMark HD系统以及Life Technology公司的QuantStudio 3D系统为**。Bio Mark系统采用微泵阀式芯片，以聚二甲基硅氧烷为芯片材料，主要依靠微流控通道与阀门的开闭进行原始体系分割，在芯片的反应仓进行PCR反应，然后通过类似于基因芯片的方法扫描每个通孔的荧光信号，进行目的序列含量的计算。QuantStudio 3D系统采用阵列微池式芯片，反应液由进样孔直接进入各微反应池。芯片式dPCR生成微滴体积均一，具有较高的稳定性，体系之间影响较小，但技术操作复杂，通量有限且实验成本较高。目前有超过130万条经锁核酸修饰的引物，提供至少3种设计方案以满足不同跨外显子区域的检测需求。北京拷贝数变异数字PCR欢迎咨询

通过锁核酸修饰的引物增强了对互补序列的亲和力和特异性，即使是微小表达差异也可以轻松检测。湖北PCR数字PCR售后服务

PCR扩增效率的高低直接影响**终信号的判读和实验结果分析。在进行热循环实验时，需检查样品的密封性以及PCR反应板是否和PCR仪热盖完全接触，确保PCR过程中样品反应液没有蒸发。QIAcuity数字PCR系统采用**的微反应腔室封闭方式，固态的物理分割和封闭可有效避免PCR过程中微反应体系的水分蒸发，确保微反应体系中样本反应液浓度的恒定，更易实现准确和精确的定量。原始数据中往往发现阳性信号与阴性背景之间存在许多弱阳性信号。因此需要对引物探针进行重新设计和优化（详见引物探针优化设计）或提升退火温度（探针通常比引物高5~10℃），以消除疑似荧光信号的“雨区“现象；此外，阳性信号和阴性背景间隙过小，导致**终结果无法准确判读。因此需要调整引物探针浓度（建议总反应体系引物浓度为600~800nM；探针浓度为200-400nM）或5' 端**个碱基如有G出现，则将其互补序列设计为实验所用探针，以提高阴阳性信号间隙，便于分析结果的准确判读。湖北PCR数字PCR售后服务