北京**未知病原鉴定测序

哪些应用场景会需要用二代测序进行未知病原鉴定？

在探普生物长时间运行过程中，我们接触到的未知病原鉴定测序项目的主要应用场景有生物体被微不明生物侵染和死亡，以及常规手段无法完成物种鉴定的病原或其他微生物培养物，未知病原鉴定。这样的场景一般发生在医院呼吸科、血液科、消化内科、神经内科、ICU、动物医院、经济动物养殖场、林场、经济作物种植单位等人类、动植物生产相关单位。这种场景的主要诉求是鉴定导致某种特定症状的病原体为何物，借鉴鉴定结果进行诊断和制定防控手段。还有部分病原微生物领域的科研工作者，对临床标本进行了病原分离，但是通过诸如电镜、PCR、ELISA及类似抗原抗体反应等特异性鉴定方法无法获得预期结果。由于二代测序对于序列的读取是非特异性的，可以用于实现病原鉴定目标。上海探普生物科技有限公司进行了大量对病原和其他病原有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于未知病原的测序工作，该流程自运行以来广受研究者们好评。

探普生物研发团队潜心在病原微生物尤其是病毒这一重要细分领域钻研，经过数批各种来源的样本测试，开发了整套基于illumina高通量深度测序平台，特异、高效的针对分离培养和临床标本的病毒核酸的测序实验及分析流程。基于无差别的样本处理方式和独特的生物信息学分析流程，除了对于被宿主核酸污染的病原微生物/病毒核酸样本进行全基因组和宏基因组测序之外，未知病原、不明原因的***也在探普特有的流程下可以得以鉴别

上海探普生物科技有限公司的未知病原鉴定测序有什么优势？

全国开设病原相关测序的公司不超过5家，只有探普生物是专门为病原研究者服务的，探普生物的研发团队和实验团队都来自全国各地病原学、微生物学专业的高校，硕士及以上学历成员超过60%，团队具备普通测序实验和分析基础之外，同时具备病原学及微生物学的学术背景，对于病原相关样本情况、研究方向等相当了解。研究者在项目咨询的时候就可以明显感觉到探普生物的专业性，沟通顺畅，省时省力。由于探普生物具备处理大量多样的病原样本的经验，熟知各类病原样本的特性，因此对于样本准备有独特的方法指南，这就为后续的分析结果打下了牢固的基础，减少了客户和公司之间的摩擦，也几乎没有售后问题。独有的实验和分析流程，可兼容高复杂度，低浓度的病原核酸。因此探普生物的病原测序除了基本的结果质量有保障外还具备：样本准备简单，商务流程通畅，回复消息及时，反馈处理迅速等优点。

样品具备什么条件才可以获得比较质量的测序效果？

其他公司对用于测序的样本的要求较高。而在探普生物进行病原基因组测序，基于探普的专有流程，样本要求非常低，不要求病原粒子纯化，不要求总量到达微克，探普有专门的收样标准和送样流程。简言之，经过细胞或其他方式培养的病原，病原载量较高，不需要复杂处理，直接上清提取核酸都可以获得非常好的组装效果；而临床标本，需要看情况，被微生物侵染严重的个体，病原释放较高的部位也可以获得很好的效果；其他类型的样本，就需要多次实验多种方法结合来确定是否可以进行实验，以及评估测序效果。

上海探普生物科技有限公司的未知病原鉴定测序实验是如何进行的？

探普生物的未知病原鉴定测序实验基于二代测序技术。样本经过核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这3大基本流程后转换成了病原体的序列数据。首先，在核酸纯化环节，探普提供专门针对病原的核酸纯化样本指南，以提高病原纯度和得率，与此同时探普生物也提供核酸纯化服务。第二，文库构建环节，探普生物专门针对病原样本的核酸低浓度/超微总量特点开发了超微量核酸文库构建，可以将0.01ng/μl甚至更低浓度的核酸构建成测序文库。第三，生物信息学分析环节。因为病原一般是在复杂环境或背景中获得的，因此下机数据一般都伴随大量的宿主和其他非致病微生物的数据，探普生物基于该特点，优化了自有数据库，专门针对病原数据搭载了生物信息学分析流程，可处理复杂背景下的病原序列。

二代测序应用于未知病原鉴定测序的过程有哪些挑战？

二代测序相较其他微生物鉴别手段，技术层面的差异主要就是无差别、非特异地将样本中的核酸全部抓取进行测序，这是它能对完全未知的物种实现鉴别的根本原因。搭载大数据分析，就可以将获得的序列信息进行比对或者注释，获得准确的物种信息。实现这一目的，样本需要经历：核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这三大基本流程。因此，每一步的实验方案是否足够灵敏，决定了结果是否准确。探普生物进行了大量对病原和其他病原有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于未知病原的测序工作，从样本处理到核酸提取，从文库构建到数据分析，该流程自运行以来广受研究者们好评。