北京**未知病原鉴定高通量测序

在探普生物进行病原高通量测序的流程是怎么样的？

在探普生物进行病原测序的流程非常简单，简而言之，客户只需要说清楚样品情况，准备样品即可，其他事宜都由探普来进行安排。大致流程如下：

1)与销售人员沟通项目需求和样本情况；

2)探普生物工作人员拟定项目合同，双方协商合同内容后签字盖章；

3)按样本准备指南准备好样本，填写信息单后通知销售人员预订干冰，安排样本寄运输；

4)客户支付项目启动款，探普生物启动项目实验和分析并提供测序报告；

5)客户支付项目尾款，未知病原鉴定，探普生物提交测序数据和分析结果；

6)售后问题处理，项目结题。

探普生物研发团队潜心在病原微生物尤其是病毒这一重要细分领域钻研，经过数批各种来源的样本测试，开发了整套基于illumina高通量深度测序平台，特异、高效的针对分离培养和临床标本的病毒核酸的测序实验及分析流程。基于无差别的样本处理方式和独特的生物信息学分析流程，除了对于被宿主核酸污染的病原微生物/病毒核酸样本进行全基因组和宏基因组测序之外，未知病原、不明原因的***也在探普特有的流程下可以得以鉴别

上海探普生物科技有限公司的未知病原鉴定测序实验是如何进行的？

探普生物的未知病原鉴定测序实验基于二代测序技术。样本经过核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这3大基本流程后转换成了病原体的序列数据。首先，在核酸纯化环节，探普提供专门针对病原的核酸纯化样本指南，以提高病原纯度和得率，与此同时探普生物也提供核酸纯化服务。第二，文库构建环节，探普生物专门针对病原样本的核酸低浓度/超微总量特点开发了超微量核酸文库构建，可以将0.01ng/μl甚至更低浓度的核酸构建成测序文库。第三，生物信息学分析环节。因为病原一般是在复杂环境或背景中获得的，因此下机数据一般都伴随大量的宿主和其他非致病微生物的数据，探普生物基于该特点，优化了自有数据库，专门针对病原数据搭载了生物信息学分析流程，可处理复杂背景下的病原序列。

样品具备什么条件才可以获得比较质量的测序效果？

其他公司对用于测序的样本的要求较高。而在探普生物进行病原基因组测序，基于探普的专有流程，样本要求非常低，不要求病原粒子纯化，不要求总量到达微克，探普有专门的收样标准和送样流程。简言之，经过细胞或其他方式培养的病原，病原载量较高，不需要复杂处理，直接上清提取核酸都可以获得非常好的组装效果；而临床标本，需要看情况，被微生物侵染严重的个体，病原释放较高的部位也可以获得很好的效果；其他类型的样本，就需要多次实验多种方法结合来确定是否可以进行实验，以及评估测序效果。

实现病原微生物种类鉴定有哪些技术手段？

 病原微生物的研究历史不算长。发展至今已经有了成套的检测体系。利用不同类别的微生物有其本身不同于其他微生物的特点，如从培养形态、显微镜观测形态、生物学功能、致病性、生物化学反应、抗原抗体反应、核酸序列等方面，都可以进行相当程度的鉴别。即便如此，依然有很多微生物通过传统技术无法鉴别。高通量测序技术问世，给微生物鉴别打开一扇新的大门。它对核酸进行测序是非特异的，因此，对一无所知的核酸也可以实现鉴别。探普生物进行了大量对病原和其他病原有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于未知病原的测序工作，该流程自运行以来广受研究者们好评。

哪些应用场景会需要用二代测序进行未知病原鉴定？

在探普生物长时间运行过程中，我们接触到的未知病原鉴定测序项目的主要应用场景有生物体被微不明生物侵染和死亡，以及常规手段无法完成物种鉴定的病原或其他微生物培养物。这样的场景一般发生在医院呼吸科、血液科、消化内科、神经内科、ICU、动物医院、经济动物养殖场、林场、经济作物种植单位等人类、动植物生产相关单位。这种场景的主要诉求是鉴定导致某种特定症状的病原体为何物，借鉴鉴定结果进行诊断和制定防控手段。还有部分病原微生物领域的科研工作者，对临床标本进行了病原分离，但是通过诸如电镜、PCR、ELISA及类似抗原抗体反应等特异性鉴定方法无法获得预期结果。由于二代测序对于序列的读取是非特异性的，可以用于实现病原鉴定目标。上海探普生物科技有限公司进行了大量对病原和其他病原有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于未知病原的测序工作，该流程自运行以来广受研究者们好评。